Liegt eine aggressive und schnell verlaufende Form der Parodontitis vor, kann über die mechanische Reinigung der Wurzeloberflächen hinausgehend der Einsatz von Antibiotika notwendig sein. Welche Antibiotika dabei zum Einsatz kommen, hängt u.a. vom klinischen Erscheinungsbild der Erkrankung und möglichen Allergien des Patienten ab. Darüber hinaus können Bakterientests, die speziell darauf ausgerichtet sind, die Art und Menge der in der Zahnfleischtasche vorhandenen Keime zu bestimmen, einen Hinweis darauf geben, welche Medikamente sinnvoll sind.